目前幾乎所有赴日留學人員申請簽證均為委托在日代理人代理申請，申請人在獲得某高等院校的入學許可后，其在日代理人為其申辦“在留資格認定證明書”。申請在留資格時，代理人需向該學校所在地區的地方入境管理局及該局支所審查課或第一審查科提交下列書面材料各一份：
1、在留資格認定證明申請書
2、外國申請人兩張照片
3、護照的復印件
4、證明適合代理人資格的證件
5、入學許可書的復印件或其他準許申請人入學的證明材料
6、申請人履歷表
7、最終學歷畢業證明書
8、日本語學校的修業完了證明書及出席、成績證明書
9、證明本人或本人以外有支付在日本停留期間一切費用的資料
10、申請人擬在日本學習的內容(科目、時間)的證明材料
11、其他入境管理局所要的證明材料
12、回郵信封(付430日元郵票)
代理申請后，若無問題，則于2~3星期內向代理人寄出“在留資格認定證明書”。該在留資格認定證明書的有效期限為6個月。代理人在收到“在留資格認定證明書”后應立即寄給申請人。申請人在收到材料后即可向日本駐華使館申請留學簽證。申請簽證時須遞交材料如下：
1、在留資格認定證明書正本
2、兩份留學理由書(詳細寫明去日本學習的目的和學科)
3、本人經歷書(寫明從上小學迄今為止的情況)
4、誓約書(由日本駐華使館發給，本人應簽名或蓋章)
5、日本入境簽證申請表(由日本駐華使館發給)
6、親屬關系表(由日本駐華使館發給)
7、本人如在國內直接申請簽證，上述所有材料須遞交給日本使館，日本使館再將材料送回日本國內審查，通常需要較長時間，而且被拒簽的可能性也比較大。因此，建議采取由在日本代理人代辦的方法。